Die Handlung schließt unmittelbar an die Ereignisse von Die Bourne Verschwörung an. Jason Bourne will im letzten Teil der Trilogie seine Vergangenheit als Geheimagent endgültig aufklären. Gleichzeitig will ihn die CIA immer noch ausschalten, da er aufgrund seiner Tätigkeit als so genannter Asset (Einsatzposten) ein Insiderwissen besitzt, mit dem er der Behörde schaden könnte - an seine Amnesie glaubt man nicht. Um dem Geheimnis seiner Identität auf den Grund zu gehen, tritt er mit Simon Ross, einem Londoner Journalisten der Zeitung The Guardian, der Artikel über Bourne schreibt, in Kontakt. Während des Treffens mit Ross, bei dem Bourne dessen Quelle erfahren will, wird der Reporter mitten in der belebten Bahnhofshalle der Londoner Waterloo Station erschossen. Bourne erfährt jedoch zuvor, dass Operation Treadstone nicht beendet, sondern lediglich durch Operation Blackbriar ersetzt wurde, die quasi genauso agiert und als Treadstone-Update fungiert. Er schafft es außerdem, einige Dokumente an sich zu nehmen, die ihn zu einer Adresse in Madrid führen. Dort angekommen findet er das CIA-Safehouse leer und überstürzt verlassen vor. Er trifft Nicky Parsons, die nach Berlin ebendort stationiert wurde und die ihm aus Schuldgefühlen heraus hilft. Sie nennt ihm den Namen eines Mannes, den Bourne auf einem gefundenen Foto als inneren Mitarbeiter des Treadstone-Projekts erkennt: Neil Daniels. Sie sagt, dieser sei eigentlich auch in Madrid stationiert und sie wisse, wo er jetzt wahrscheinlich zu finden sei. So nehmen die beiden die Verfolgung auf...